El impacto del franquismo en Euskadi fue devastador, no solo en términos de vidas humanas, sino también en la destrucción de instituciones que habían requerido un arduo esfuerzo para establecerse. Un ejemplo claro de esto es el primer Gobierno vasco de la historia, liderado por José Antonio Aguirre, quien se convirtió en un símbolo de resistencia durante el exilio. Su sucesor, Jesús María Leizaola, tuvo la oportunidad de regresar a su tierra, donde pasó sus últimos años tras la dictadura.
Aguirre asumió el cargo de lehendakari el 7 de octubre de 1936, en medio de la Guerra Civil. Este momento llegó tras varios intentos fallidos de establecer un gobierno propio, como el del Estatuto de Estella en 1931, que fue rechazado. Solo dos años después se aprobó otro estatuto que incluía a Bizkaia, Gipuzkoa y Araba, pero que también fue anulado con la llegada de la derecha al poder. Fue en este contexto que las Cortes republicanas españolas, en su última sesión, aprobaron el Estatuto vasco el 1 de octubre de 1936, designando a Aguirre como lehendakari pocos días después.
Frente a la adversidad, Aguirre optó por establecer un Gobierno de concertación que integrara a diversas fuerzas políticas republicanas. En su gabinete se encontraban representantes del PNV, PSOE, PCE, ANV, así como de Izquierda Republicana y Acción Republicana, lo que reflejaba un esfuerzo por unir a las distintas familias políticas en la defensa de la causa republicana contra la amenaza franquista.
Sus esfuerzos se centraron en preparar el Euzko Gudarostea y en construir el Cinturón de Hierro para proteger Bilbao de las tropas franquistas, que ya habían tomado Araba y gran parte de Gipuzkoa. Sin embargo, ocho meses después de la creación de este primer Gobierno vasco, los sublevados tomaron la capital vizcaína, marcando así el fin de la Guerra Civil en Euskadi y el comienzo de una larga etapa de represión.
Tras una fuga a Francia, Aguirre mantuvo el Gobierno vasco en el exilio, trasladándolo posteriormente a Nueva York debido a la Segunda Guerra Mundial y la ocupación alemana de Francia. Desde allí, Aguirre intentó movilizar el apoyo de las potencias occidentales para derrocar al régimen franquista, aunque la situación geopolítica se tornó en su contra. La creciente influencia soviética en Europa hizo que Estados Unidos viera a Franco como un aliado útil en el contexto de la Guerra Fría, lo que complicó aún más las esperanzas del nacionalismo vasco. La entrada de España en las Naciones Unidas en 1955 fue un duro golpe para el movimiento.
Para entonces, Aguirre había trasladado nuevamente el Gobierno vasco a París, donde fallecería en 1960 a los 56 años. Leizaola asumió el liderazgo en su lugar y pudo regresar a Euskadi en diciembre de 1979, justo cuando el Estatuto de Gernika había sido aprobado en referéndum. Posteriormente, cedió el testigo a Carlos Garaikoetxea, quien se convertiría en el primer lehendakari tras la dictadura de Franco en abril de 1980. A pesar del daño infligido por el régimen franquista, este no pudo destruir la herencia de aquel primer Gobierno vasco liderado por José Antonio Aguirre.
